新造時は両運転台便所付きの形式として登場。酷寒冷地向けの100番代、寒地向けの500番代、暖地向けの2000番代の3区分が登場した。1977(昭和52)年から1982(昭和57)年にかけて392輌が新潟鐵工所、富士重工業で製造された。
番代区分一覧
キハ40 100番代
キハ40 300番代
キハ40 330番代
キハ40 350番代
キハ40 400番代
キハ40 500番代
キハ40 700番代
キハ40 1000番代
キハ40 1700番代
キハ40 2000番代
キハ40 2500番代
キハ40 3000番代(JR東海)
キハ40 3000番代(JR西日本)
キハ40 3300番代
キハ40 5000番代
キハ40 5500番代
キハ40 5800番代
キハ40 6000番代
キハ40 6300番代
キハ40 7000番代
キハ40 8000番代